还是军队的问题，此次索额图的谋反让康熙至今还心有余悸。“枪杆子里出政权”这是千古至理。康熙虽然没有明着说出过类似的话，但是这道理是一直扎根在他心中的。
虽然这次跟着叛乱的军队除了几个领头之人外，绝大多数的兵士都是不知道他们所要执行的任务具体是什么，对付的人是哪个，他们只管听上峰的命令行事，并没有资格过问其中的原因。可也正因为如此，才暴露出军队中的一些弊端。
在康熙看来，几个军队的首领撺掇在一起就敢公然谋反，这要是全国带兵的武将都联合起来，他岂不是要让出皇位了。这种可怕的后果只要想想就令康熙不寒而栗。
当然，这种情况只是假设，只要利益，派系，立场，政见等等这些因素不能达成统一，朝臣们就永远都不可能取得一致，而这种假设也就不可能成为现实。但危险要掐灭在萌芽当中，这是康熙维护皇权的宗旨，既然问题暴露出来了，康熙绝不会放任自流。
于是康熙借着处理此次叛乱的余温，先是下旨，在全国范围内实施减兵增饷，汰弱留强，严杜顶替之弊的政策，并对剩下来的所有士兵重新登记造册。那些调皮捣蛋，不服管教的兵痞自然也就夹杂在其中被剔除了出去。而精简下来的老弱，朝廷会根据他们这些年的军功和籍贯发放一定量的银两和土地，放他们回家务农。
此旨意一下，军队立刻沸腾了。在古代军人的地位是很低的。虽然清朝比明朝有所提高，但那是针对于八旗。尤其是满八旗来讲，至于由汉军组成的绿营变化并不太大。能够得到些钱财、土地回家务农。那些在军队中郁郁不得志的普通兵士当然是极为愿意的。而留下来的人饷银也得到了提高，真可谓是皆大欢喜。只是苦坏了一群吃空响的军官，这一下子他们的收入将急剧减少。
可是康熙出手的太是时机了，借口找的也好，谁也不想和谋反挂上边不是，他们也只能打掉牙往肚子里咽了。
之后，康熙又来了一个更大的动作，他带领吏部和兵部的人，亲自参与并制定了一系列的政策和规章制度。
首先在军种的分类上。康熙开创历史之先河，把现有的军队分为陆军，海军和火器军三大类。三军可以协作，但互不统属。尤为重要的一点是，他把火枪营和炮营单独分离出来，成立了一个新的军种——火器军。而没有按照常规那样把它划分到陆军的范围内。并且火器军归他本人直接领导。这里就可以看出，康熙对待火器的态度，是既要重用，又要防范。更要牢牢的掌控在他自
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