怯薛和侍卫亲军虽然都是中央宿卫军队，但在职能上有明确分工。怯薛负责皇帝的安全，掌管宫城和斡耳朵的防卫，一般不外出作战。侍工亲军则既要负责元朝两个都城大都和上都的安全以及“腹里”地区的屯守，又是朝廷用以“居重驭轻”的常备精锐部队，随时可以派出去作战。
隶属关系上二者亦不相同。怯薛由怯薛长掌管，直接听命于皇帝。侍卫亲军由各卫都指挥使司掌管，除东宫、后宫卫军外，均隶属于专掌军政的枢密院之下。兵员征集上的差异也很明显。怯薛成员主要来自蒙古各部，侍卫亲军士兵则不仅来自中原、江南的汉军、探马赤军和新附军，原来附籍在蒙古军中的色目人和流亡的蒙古子女等，亦是重要来源。
按照元廷的规定，充当侍卫亲军的必须是精锐士兵，总人数在二十万至三十万之间，其中汉人士兵约占三分之二。因此侍卫亲军成为元军的中坚力量，取代了蒙古国时期怯薛作为全军“大中军”的军事地位。但是随着大宋的灭亡及大规模战事的结束，侍卫亲军的军事职能也随之减弱。
所以侍卫亲军的职能除了保卫京师、参加重要战事外，又多了项屯田的工作。而侍卫亲军的屯田声势浩大，在元帝国很多地区都有，其中侍卫亲军在两都之间的屯田很重要，规模也很大，朝廷为其拨发牛、种、农具，设立屯田官管理，进行水利设施建设，可奇怪的是效益却不好，不但无法满足各卫军储供给，还时常需中央的赈济，拨付部分军饷。
国家给付生产工具，又有大量的廉价的劳动力，可收入不够支出，放在今天人眼里绝对是不可思议的，但曾在西北统军的玉昔帖木儿十分清楚其中的门道。蒙古在成吉思汗时期就确立了军政合一的千户制，属民战时上马为兵，平日下马为民。千户制的好处很多，而最重要的却是省钱，国家平日无需出钱养兵，战时士兵也是自带武器、马匹、装备，基本上没有投入，可以节约大量的国家资金，缓解财政压力。
在元朝建立后，忽必烈虽然对军制进行了革新，可依然沿袭了这种制度，形成了新的军户制。蒙古军作为国家的精锐，在大规模战事结束后，大部分返回草原，遇到战事，依然是传檄召集，拉出来作战。组建侍卫亲军基本使用了两种不同的方式。
一种是根据军事或者政治的需要，由朝廷下令在指定军队内选调精锐士兵，集中到京城，编组成侍卫亲军；这里面也包括从原有的卫军组织中分编出新卫的建置。汉人卫军和蒙古卫军的编组多采用此种方式；另一种是皇帝授权给某个有功
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